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抗癌新方法:用算法找病变基因

日期:2017年10月23日 16:31
 
    当我们谈起硅谷,我们在谈什么?惠普、苹果、Google、Facebook、特斯拉、SpaceX的黑科技,还有每隔几年就会突然出现在公众视野里的小型初创公司。
其实,还有另一群神秘的天才,在硅谷少为人知的非营利研究机构里,用一项又一项研究成果低调地改变着我们的世界……
    SRI International(斯坦福国际研究院)就是这样一家机构。过往在这里诞生并被大公司收购或拆分出去成立公司的明星项目数不胜数:汰渍洗衣液基础原料、支票磁性安全墨水、鼠标原型机、喷墨打印机、光盘以及LCD显示器的发明,以及世界首次网际网络通信的实现……
 
 
    就连苹果操作系统里的智能助手Siri,一开始也是SRI International的内部创业项目。
称这家机构为硅谷的黄埔军校丝毫不过分……
    SRI International的研究方向还包括医学,他们正在研究如何及早诊断和攻克癌症!
    之前医学界早有研究发现,一些癌症由成对的基因A和B控制,它们被称为“合成致死基因”(Synthetic Lethals)。假设A基因病变失灵,B则会扩大表达量以弥补A的损失,维持癌细胞继续增生,反之亦然。如果能够使A和B同时病变,它们控制的癌细胞就会死亡,癌症会停止扩散。
 
 
    于是,医学界开始着手利用这个理论发展医药和救治方案,结果却并不理想——门槛在于,想要精确地确认这种成对基因关系,就像大海捞针一样。
    而SRI International的生物信息学小组,在医学和计算机专家,斯坦福大学研究员苏巴娜·辛(Subarna Sinha)的带领下,取得了重大突破!
 
 
    该小组开发出了一种全新的计算机算法,命名为“导弹”(Mining Synthetic Lethals, MiSL)。
 
 
    通过新算法,小组对12种不同类型的癌症、超过3100个癌症相关基因病变、数以亿计的基因进行筛选,精确地筛选出了89对合成致死基因。更令人欣慰的是,这其中有17对在此之前已经被发现,投入临床应用或药物开发——证明了MiSL算法的有效性!
    在PingWest品玩上周举办的硅谷科技峰会SYNC2017上,辛向在座数百名专业人士具体阐释了这一新发现。据她 介绍,MiSL不仅可以用来发现潜在的合成致死基因,还可以导入新的数据源进行反向验证,找到那些导致对已有癌症药物产生抗药性的基因,从而扩展出新的研究……
 
 
    辛指出,MiSL算法的诞生,在对抗癌症的战争中具有里程碑的意义。通过MiSL,未来我们可能会迎来对个体病人更具针对性的抗癌疗法,甚至在某天完全击败癌症……
来源:PingWest

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